Bao nhiêu lần ra tòa để khai cung nguyên, Cố Vấn Chỉ Đạo Miền Trung, Ngô Đình Cẩn đều khai rằng, tôi nhà quê dốt nát không biết đến chính trị. Câu nói đó là kết luận cho những công việc của ông Cẩn hành động trước thời Tổng Thống Diệm.
Trước khi thọ hình qua các phiên xử tại tòa án, ông Ngô Đình Cẩn hoàn toàn phủ nhận lời kết tội. Và đặc biệt ông Cẩn không khai một điều dính líu đến tài sản tiền bạc của ông trong ngôi nhà trú ngụ tại Phú Cam (Huế).

.
Theo dư luận đa số bà con thân thích bạn bè và ‘’bề tôi trung tín’’ đã đứng tên nhiều cơ sở, trương mục ngân hàng và quan trọng nhất là số vàng kim cương, bạc mặt ở căn nhà của ông biến mất khi đảo chánh 1.11.63 bùng nổ. Cũng có dư luận loan rằng, những người có liên hệ trong chính quyền hồi đó đã hứa với ông Cẩn rằng nếu không khai gì sẽ được thoát khỏi hành quyết tử hình. Nguyên nhân đó đã thúc đẩy ông Ngô Đình Cẩn đã khai ra trước tòa án mình nhà quê không biết gì cả.
Theo dư luận thời bấy giờ, quần chúng nghĩ rằng ông Ngô Đình Cẩn hy vọng thoát được cái chết. Người nhà quê Ngô Đình Cẩn quá khổ tâm về 2 cái chết của người anh mình là Tổng Thống Ngô Đình Diệm và ông Cố Vấn Ngô Đình Nhu. Luật Sư Võ Văn Quan đã trổ tài hùng biện cứu vẫn thân chủ Ngô Đình Cẩn với hy vọng, dầu bị tử hình mà sẽ không thực thi hành quyết.
Những phiên tòa xử Ngô Đình Cẩn bệ rạc vô cùng. Ông Cẩn đã mắc bệnh tê liệt lâu năm bị trong vòng lao lý chẳng có ai ở bên cạnh tận tình săn sóc cho ông. Nơi thảm thương rõ rệt trên khuôn mặt thân thể khi ông xuất hiện trước vành móng ngựa công lý.
Dư âm hai cái chết Tổng Thống Ngô Đình Diệm và ông Ngô Đình Nhu còn vọng lại. Những người giàu lòng nhân đạo nhận xét rằng thế nào ông Cẩn cũng không đến đoạn đường bị hành quyết. Hãy để cho ông ấy ngồi tù với bệnh hoạn sẵn có trong thân thể thì ông Cẩn cũng không thể sống lâu dài thêm nữa. Đó là một hình thức tử hình đến với ông Ngô Đình Cẩn.
Nhưng tại Cố Đô Huế đồng bào sôi nổi về những phiên xử Ngô Đình Cẩn. Họ đòi hỏi ông Cẩn gây tội ở địa phương nào thì phải được xử tại đó. Chính quyền đương thời đã thờ ơ trước sự đòi hỏi ấy và tiếp tục xử án ông Cẩn tại Sài Gòn. Và bản án tử hình chính thức được loan báo. Luật Sư Võ Văn Quan cảm thấy mình đã thất bại trong việc giảm bản án cho Ngô Đình Cẩn.
Ngày 3.5.1964 Luật Sư Võ Văn Quan đưa đơn xin ân xá của Ngô Đình Cẩn lên văn phòng Quốc Trưởng Dương Văn Minh. Đơn ân xá này bị Tướng Minh bác bỏ. Thế là Cẩn đợi ngày tử hình.
Lúc bấy giờ địa điểm hành quyết Ngô Đình Cẩn được loan truyền khắp nơi. Người thì nói hành quyết Cẩn ở Huế, người thì cho rằng Cẩn bị bắn tại Chợ Bến Thành cho dân chúng Thủ Đô chứng kiến. Đến ngày 8.5.1964 tin chính thức loan ra. Ông Ngô Đình Cẩn sẽ thọ hình tại khám Chí Hòa vào sáng 9.5.1964. Trong khi ấy Phan Quang Đông cũng bị hành quyết đồng ngày với Cẩn tại Cố Đô Huế.
Như vậy Cẩn và Đông đều bị giết một lượt. Tại Thủ Đô Sài Gòn được tin rất xôn xao. Sáng 9.5.1964 một số lớn đồng bào kéo nhau đến trước cửa khám Chí Hòa để coi cuộc hành quyết Ngô Đình Cẩn. Nhưng họ không được phép vào bên trong. Một số báo chí trong và ngoài nước đã chứng kiến cảnh bắn Ngô Đình Cẩn.
Lúc thọ hình Ngô Đình Cẩn mặc quần trắng, áo dài đen. Tất cả báo chí không được phép đến gần ông Cẩn. Những người chứng đứng cách xa ông Ngô Đình Cẩn ngoài 50 thước tây. Duy có Luật Sư Võ Văn Quan và Linh Mục Thí lo phần hồn là được ở gần ông Ngô Đình Cẩn.
Tin loan báo, bắn ông Ngô Đình Cẩn vào sáng sớm nhưng mãi đến chiều sự hành quyết mới thật sự. Một Tiểu Đội Quân Cảnh dàn ra. Ông Ngô Đình Cẩn được dẫn từ trong khám ra sân, Ông Cẩn bước đi không nổi. Luật Sư Võ Văn Quan và một người lao công phải dìu Cẩn. Khi trói Cẩn vào cột trụ, bịt mắt, nhưng Cẩn yêu cầu đừng bịt mắt như thế để cho ông nhìn thấy lằn đạn. Linh Mục Thí ban phép lành tha tội cho Cẩn (Cha Thí, Nhà Dòng Cứu Thế đã đọc kinh lạy cha cứu rỗi linh hồn ông Ngô Đình Cẩn ‘’Xin cho chúng tôi hàng ngày dùng đủ. Và tha tội chúng tôi như chúng tôi cũng tha kẻ có nợ chúng tôi’’chú thích TQP). Dù thân hình bủn rủn, song Cẩn vẫn còn minh mẫn tinh thần. Luật Sư Võ Văn Quan lấy mắt kiếng đang đeo của Cẩn mà rưng rưng nước mắt. Không khí pháp trường nghẹt thở. Những người chứng kiến cơ hồ như tiêu tan hận thù và thương tâm cho Cẩn. Khi Ngô Đình Cẩn bị bắn chết và hưởng phát đạn ân huệ cuối cùng của viên Tiểu Đội Trưởng Quân Cảnh lúc Cẩn đăng bịt mắt với bao khăn đen trùm kín. Luật Sư Võ Văn Quan cảm động đến tuôn nước mắt. Sự buồn rầu của Luật Sư Quan hoàn toàn phi chính trị mà lo ở lòng nhân đạo nổi dậy mà thôi, Luật Sư Võ Văn Quan cầm đôi mắt kiếng của ông Cẩn bỏ vào cặp, người có mặt lúc hành quyết đã thấy cặp mắt kiếng ấy vỡ mất một tròng.
Nguyên nhân tại sao như thế thì không được biết, nhưng Luật Sư Quan trông chừng quý báu đôi mắt kiếng ấy lắm. Có lẽ là kỷ vật duy nhất đoạn đường cuối của ông Cẩn đền bù lại cho Luật Sư Võ Văn Quan ngần thứ ấy. Và chắc rằng hiện nay Luật Sư Quan hãy còn giữ đôi mắt kiến vỡ một tròng của Cẩn.
Cái chết của Cẩn có người cho rằng, tự Cẩn đã vô tình giải tỏa cho một số nhân vật dính vào tiền bạc của ông, dù tiền ấy là của Phong Trào Cách Mạng Quốc Gia Thừa Thiên, hoặc Cần miền Lao Trung. Dù tiền ấy là kinh tài nhà cửa, đất đai, quế...có tính cách tham nhũng quyền thế, nhưng trong thực tế vẫn là của riêng gia tài Cẩn.
Nguyên nhân đó làm cho Cẩn tự nhận mình là gã nhà quê cục mịch...Cẩn tự nhận như vậy vì một số nhân vật đã hứa cứu mạng sống cho Cẩn. Nhưng thật ra các nhân vật nầy ước muốn Cẩn chết để phi tang. Như vậy, chứng tỏ Cẩn là người ham sống, sợ cái chết mỗi ngày mỗi gần kề tại khám Chí Hòa.
Trong cơn đau buồn của người thất sủng Ngô Đình Cẩn, tâm hồn đớn đau của một người đàn ông xế bóng đang trải qua cơn ác mộng gia đình điêu linh, điêu đứng. Tình trạng tâm hồn Cẩn căng thẳng mãi làm cho bệnh tim, bệnh tê liệt phát khởi trong vòng lao lý.
Có người cho rằng, không cần phải hành quyết ông Cẩn để mang tiếng vô nhân đạo, (vì hai người anh đã bị bắn), Ông Ngô Đình Cẩn lãnh án tử hình cũng đủ giết ông ở trong tù, đó là chưa nói đến bệnh hoạn luôn luôn theo đuổi ông ta trong suốt 10 năm trong đời.
Cái chết của Ngô Đình Cẩn không phải đơn sơ như tại pháp trường khám Chí Hòa. Cái chết đã ngoài phần chính trị còn liên hệ rất nhiều ẩn khúc tiền bạc của ông Cẩn. Ông Ngô Đình Cẩn đã bị đánh lừa vì ông muốn đổi lấy cái sống cho mình. Nhưng chính ông Cẩn cũng không ngờ rằng số phận mình đã an bài như vậy.
Không biết trước giờ thọ hình, ông Ngô Đình Cẩn có đủ sáng suốt để nhận định bị lừa gạt không ? Nhưng theo Luật Sư Võ Văn Quan thì Cẩn buồn vô hạn, buồn cho thân phận và gia đình hẩm hiu của mình. Chứ cái chết đối với Cẩn cơ hồ như bình tâm vì sự kiện đó chắc chắn phải đến.
Ngô Đình Cẩn bị hành quyết, đời ông chấm dứt và dứt hẳn cho những ai đã từng vào luồn ra cúi ông dưới thời uy danh của Tổng Thống Ngô Đình Diệm. Đồng thời tiếng vang hung thần miền Trung cũng chôn vùi xuống đáy mộ theo cái chết đó.
Người Á Đông ta vốn nóng tính nhưng lại lai láng tình cảm. Ngô Đình Cẩn là kẻ thù lúc ông sinh tiền, nhưng bị hành quyết lại gây xúc động, Có lẽ hận thù đã lắng xuống, lý trí quyết định lập trường bị chi phối, nhường tình cảm chân thành cho người quá cố. Nhưng đã muộn, Ngô Đình Cẩn chết là hết. Hận thù không còn nữa.
Giờ phút bắn ông Ngô Đình Cẩn, những người chứng kiến đều xúc động. Trời sinh ra con người chúng ta như vậy. Những ghét bỏ, oan ức, thù hận với ông Cẩn hầu như biến tan, để thương tâm cho ông ấy bỏ mạng sống. Lúc vị Linh Mục làm phép cho ông Cẩn, không khí pháp trường chìm xuống, nặng nề. Một quang cảnh buồn thảm diễn ra trước mắt mọi người. Số phận con người đã đong đưa trên trần gian nấy rồi mà ông Cẩn đang đợi chờ tử thần. Tử thần bước chậm rãi làm cho mọi người nghẹt thở.