Sau buổi tọa đàm "20 năm phát triển của Khoa Long và lộ trình cải cách doanh nghiệp Trung Quốc", mặc dù Cố Trồ Quân rất hài lòng về tiến trình cũng như tầm ảnh hưởng của hội nghị và còn bày tỏ những cảm xúc liên quan, nhưng nhìn từ hiệu quả thực tế sau đó, buổi tọa đàm, báo cáo cùng các bài quảng cáo trá hình lại mang đến tác dụng ngược, không chỉ với Cố Trồ Quân mà còn với cả Khoa Long. Việc tập đoàn Greencool có đang "cuồng hoan" trong bữa tiệc "quốc thoái dân tiến" hay không, càng được ông tô vẽ lại càng trở nên đen tối. Trong ấn tượng của công chúng, ông hiển nhiên đã trở thành nhân vật biểu tượng cho việc xâm chiếm tài sản quốc gia. Ngay khi buổi tọa đàm đang diễn ra, Kiểm toán Nhà nước đã lặng lẽ tiến vào Khoa Long để triển khai điều tra. Tháng 11, Sở Giao dịch Chứng khoán Thâm Quyến cùng Sở Giao dịch Chứng khoán Hồng Kông đồng loạt tiến vào trụ sở Khoa Long để kiểm tra tập trung các vấn đề tài chính. Tháng 1 năm 2005, Sở Giao dịch Chứng khoán Hồng Kông lấy lý do giao dịch liên quan để công khai khiển trách ông, khiến giá cổ phiếu Khoa Long ngay lập tức sụt giảm mạnh.
Trong khoảng thời gian này, Cố Trồ Quân luôn bôn ba khắp nơi tại Bắc Kinh, vì Khoa Long và cũng vì chính bản thân mình. Ông biết sự thất bại của mình đã là định mệnh, điều duy nhất có thể làm lúc này là bán Khoa Long càng sớm càng tốt để mong rút lui an toàn. Ông lần lượt tung "cành ô liu" cho các đối thủ cùng ngành như Trường Hồng, Hải Tín để đàm phán việc bán lại Khoa Long, tuy nhiên ông lại tuyên bố rõ ràng với bên ngoài rằng sẽ không bán Khoa Long cho TCL và Haier, vì "bản thân ông không đánh giá cao sự phát triển của hai doanh nghiệp này". Từ chi tiết này có thể thấy, dù đang ở bước đường cùng, ông vẫn không thay đổi bản tính kiêu ngạo, vô kỵ và thích chỉ điểm giang sơn. Ngày 29 tháng 7, ông đột ngột mất liên lạc với tất cả cấp dưới. Ngày hôm sau, khi đám cấp dưới đang hoang mang không biết phải làm sao, họ được thông báo rằng: "Cố Trồ Quân đã bị nhân viên công an thành phố Phật Sơn bắt đi quản thúc". Thế nhưng, mọi chuyện vẫn chưa ngã ngũ.
Cố Trồ Quân thân bại danh liệt hiển nhiên đã không thể xoay chuyển tình thế. Khi đang bị giam cầm, ông phải trân mắt nhìn tài sản mà mình đã dày công tính toán bấy lâu nay bị người người xâu xé. Tháng 9, tại trại tạm giam, ông ký thỏa thuận chuyển nhượng cổ phần với đại diện của Hải Tín Thanh Đảo. Doanh nghiệp sản xuất tivi màu đến từ Sơn Đông này cuối cùng đã trở thành chủ nhân mới của Khoa Long với mức giá 680 triệu Nhân dân tệ đầy bất ngờ. Việc thâu tóm Công ty điện máy Mỹ Lăng ở Hợp Phì là nước cờ đắc ý nhất của ông sau Khoa Long. Tháng 10, tờ "Tin tức Kinh tế Hằng ngày" tại Thượng Hải tiên phong tiết lộ, doanh nghiệp tivi màu lâu đời Tứ Xuyên Trường Hồng có khả năng sẽ thu mua cổ phần Mỹ Lăng trong tay Greencool, và thương vụ này cuối cùng đã đạt được vào mùa xuân năm 2006. Hãng xe khách Á Tinh mà ông thâu tóm vào túi cũng giống như Mỹ Lăng, rất nhanh đã thoát khỏi con tàu đắm Khoa Long. Chính quyền thành phố Dương Châu nhanh chóng phong tỏa số cổ phần Á Tinh do Greencool nắm giữ. Một năm sau, ô tô Đông Nam trở thành bên mua mới của Á Tinh. Trong tất cả các công ty từng bị ông nhúng tay vào, Tương Dương Trục Thừa có lẽ là bên chịu tổn thương nhẹ nhất. Ngay khi tin tức ông bị bắt giữ truyền ra, chính quyền Tương Dương lập tức tuyên bố hủy bỏ thỏa thuận chuyển nhượng cổ phần Tương Dương Trục Thừa đã ký với Greencool. Thỏa thuận này vốn chưa từng nhận được sự phê duyệt chính thức từ Ủy ban Điều tiết Chứng khoán Trung Quốc, nay lại nhờ họa mà được phúc.
Ngày 26 tháng 10, kết quả điều tra của Ủy ban Điều tiết Chứng khoán Trung Quốc đối với Khoa Long chính thức được công bố. Báo cáo này nêu rõ: "Cố Trồ Quân và các nhân sự liên quan cùng các công ty hệ "Greencool" bị nghi ngờ chiếm đoạt, biển thủ tài sản của Khoa Long với tổng số tiền lên tới 3,485 tỷ Nhân dân tệ". Tháng 1 năm 2006, công ty kế toán KPMG tiến hành điều tra dòng tiền của Khoa Long và phát hiện các dòng tiền bất thường tích lũy vượt quá 7,5 tỷ Nhân dân tệ. Tháng 8, báo cáo thường niên năm 2005 của Khoa Long vốn bị trì hoãn hết lần này đến lần khác cuối cùng cũng được công bố, nhưng lại mang đến những con số thách thức giới hạn tâm lý của cổ đông: khoản lỗ khổng lồ lên tới 3,693 tỷ Nhân dân tệ, phá vỡ kỷ lục thua lỗ của các công ty niêm yết trong nước cùng năm; liên quan đến 93 vụ kiện tụng, số lượng vụ việc nhiều đến mức lập kỷ lục về số vụ án mà các công ty niêm yết trong nước phải đối mặt những năm gần đây; tài sản ròng của công ty thì ở mức -1,09 tỷ Nhân dân tệ.
