Hoàng Siêu có ý định học theo cách làm của Neo, chỉ thay đổi một vài chi tiết nhỏ. Bởi lẽ, sự kiện "Cứu Thế Chủ" thực chất là do Kiến Trúc Sư dàn dựng. Trong Ma Trận, hắn hiện thân là một ông lão mặc âu phục trắng, còn ở thế giới bên ngoài, hắn chính là Đại Đế Máy Móc, một thực thể được cấu thành từ vô số bạch tuộc máy nhỏ bé hợp lại thành khuôn mặt người.
Hắn không có thực thể, mà tồn tại dưới dạng ý chí. Mọi loại robot với hình thù ghê rợn đều có thể coi là tay chân của hắn: đây lại là một sự ám chỉ đến thần thoại Cthulhu. Chúng thao túng Zion, Morpheus luôn thể hiện sự kiên định, thế nhưng ông ta thực sự đã bị lừa. Cứu Thế Chủ vốn dĩ chỉ là một lời nói dối.
Hoàng Siêu không muốn thể hiện quá mạnh, điều này sẽ khiến Kiến Trúc Sư cảm thấy hắn mất kiểm soát; nhưng cũng không thể biểu hiện quá yếu, nếu không, phía Tiên Tri có thể sẽ chọn một người thay thế khác. May mắn thay, hắn biết rõ Neo nên đạt đến trình độ nào: hắn đã từng xem bộ phim này.
Vì vậy, lúc này Hoàng Siêu sao chép lại hành động của Neo trong phim, xông vào cứu Morpheus, chỉ là mang theo nhiều súng hơn một chút. Súng ống là những thứ "hợp pháp" trong Ma Trận, nên họ có thể mang theo. Đây là một lỗ hổng của chương trình, nhưng không gây hại gì. Hoàng Siêu cảm thấy bản thân cũng có thể mã hóa ra bom hạt nhân, nhưng những tòa nhà hắn phá hủy chỉ cần một hơi thở là có thể tái tạo lại, thứ hắn tiêu diệt chỉ là ý thức của những con người đang làm pin năng lượng mà thôi.
"Chúng ta không cần quá nhiều người, đội ngũ càng nhỏ càng tốt, số lượng không có ý nghĩa gì đối với Đặc Vụ cả." Hoàng Siêu thản nhiên nói, để hai thành viên vốn dĩ phải chết ở lại bên ngoài.
Hắn và Trinity tiến vào trong Ma Trận, hai người giống như trong phim, tấn công tòa nhà nơi các Đặc Vụ đang ở. Họ cho nổ tung thang máy, men theo dây cáp đi thẳng lên sân thượng.
Hoàng Siêu áp chế thực lực, không phô diễn những năng lực thần kỳ như bay lượn hay độn thổ, nhưng những khẩu súng trong tay hắn giống như lời tuyên án của tử thần, kẻ địch trước mặt hắn lập tức bị bắn xuyên đầu. Hoàng Siêu nhếch mép cười: "Trò chơi bắn súng thực tế ảo này, chơi thật là sảng khoái."
Sân thượng đã được dọn sạch, một Đặc Vụ xông lên, Hoàng Siêu dây dưa với hắn một lúc, chơi trò né đạn lẫn nhau. Đây là sự kết hợp giữa khả năng phản xạ và tốc độ dòng chảy thời gian, cả hai đều tác động vào không gian chương trình. Nếu dùng tốc độ này để né đạn trong thực tế, quần áo sớm đã bị xé nát và thiêu rụi.
Đặc Vụ cuối cùng bị Trinity mai phục bắn hạ, sau đó hai người lái trực thăng cứu Morpheus ra ngoài, họ trở về thực tại tại một nhà ga. Morpheus và Trinity trở về trước, sau đó Smith chiếm lấy thân xác của gã vô gia cư, đập nát chiếc điện thoại.
Hoàng Siêu và Smith đứng đối diện nhau, Tank và những người khác hét lớn: "Neo, chạy mau!" Nhưng Hoàng Siêu không nghe thấy họ đang nói gì, Hoàng Siêu trong Ma Trận cũng không hề di chuyển. Morpheus hài lòng nói: "Cậu ấy đã giác ngộ rồi."
Dưới sự chứng kiến của mọi người ở thế giới bên ngoài, Hoàng Siêu và Smith bắt đầu một trận đại chiến. Đối với Smith, đây là một trận chiến cam go, còn Hoàng Siêu hoàn toàn đang áp chế thực lực ngang bằng với đối thủ, sau đó làm bộ làm tịch để đối kháng.
Lần này Hoàng Siêu kéo dài thời gian rất lâu, Smith da dày thịt béo, những đòn tấn công thông thường của Hoàng Siêu căn bản không thể khiến hắn mất khả năng chiến đấu. Hoàng Siêu lười chạy tiếp, cứ thế dây dưa cho đến khi hai Đặc Vụ khác tới, chúng nổ súng bắn, Hoàng Siêu vươn một tay ra, chặn đứng những viên đạn.
"Ta đã đợi cảnh này lâu lắm rồi." Hoàng Siêu thầm nghĩ trong lòng đầy kiên nhẫn. Trong quá trình giao đấu, hắn đã sớm nhìn thấu chương trình của Smith, hắn xông vào mã nguồn của Smith và tiêu diệt hắn.
Những người bên ngoài đã không thể giải mã, nhưng họ đoán được một điều: Neo đã tiêu diệt một Đặc Vụ! Trong khoang tàu vang lên những tiếng reo hò, điều này có nghĩa là Neo thực sự là Cứu Thế Chủ, cậu ta đã bắt đầu làm được những chuyện "kỳ tích".
Tinh thần của Hoàng Siêu bám vào các mảnh vỡ chương trình của Smith, chìm sâu vào vòng tuần hoàn lớn dưới bề mặt thế giới. Tại đây, các mảnh vỡ chương trình lẽ ra phải biến mất, thế nhưng mảnh vỡ của Smith lại bắt đầu tái cấu trúc dưới tác động của một "yếu tố bất ngờ" nào đó.
"Neo bị sao vậy, tại sao cậu ấy lại đứng yên không nhúc nhích?" Những người bên ngoài lo lắng nhìn Hoàng Siêu, lúc này mã hóa đã trở lại bình thường, trên sân ga tàu điện ngầm nơi Hoàng Siêu đứng chỉ còn lại một mình hắn.
Hoàng Siêu đứng bất động, lõi tính toán bên trong không gian sinh linh đã vận hành đến cực hạn, hắn truy vết mảnh vụn của Smith đến tận nơi sâu nhất của Ma Trận, đây là mã nguồn sơ khai của chương trình, là khởi nguồn của trí tuệ nhân tạo. Tại vị trí của Hoàng Siêu, không gian đột nhiên xảy ra một đợt dao động, những bức tường hiện lên những gợn sóng như mặt nước. Một tờ báo cũ bay qua, giây tiếp theo, một tờ báo cũ tương tự lại bay qua.
Không gian này đã không còn ổn định. Trong mắt Hoàng Siêu lóe lên những tia sáng khác biệt. Trong không gian sinh linh, lõi tính toán phát ra một tiếng nổ nhẹ, làn khói nhạt tỏa ra bên trong, lõi tính toán đã hỏng rồi.
Hoàng Siêu không dừng lại, giờ đây hắn đã không còn cần đến thiết bị hỗ trợ ngoại vi này nữa. Ma Trận là một thế giới chương trình dùng chung, ở đây không có một chủ nhân hoàn chỉnh, Kiến Trúc Sư không có thực lực toàn năng, nếu không hắn đã chẳng cần phải đau đầu vì những "yếu tố bất thường".
Sau khi một lượng lớn tinh thần nhân loại được truyền vào, thế giới này đã có đặc tính tự do không thể kiểm soát, đó chính là cái gọi là "ý chí tự do". Điều này hoàn toàn là để nhân vật chính có thể giành chiến thắng, nhờ vào những thiết lập hỗ trợ nhân vật chính này, Hoàng Siêu đã triển khai thế giới tinh thần của riêng mình trong chiều sâu của chương trình.
Đây vốn dĩ là một không gian hư vô, tinh thần không có giới hạn, giải phóng tâm linh là có thể không bị thế giới trói buộc. Mà năng lực của Hoàng Siêu lại cực kỳ thích ứng với nơi này, một Smith đang dần hình thành, tâm thần phân tách của Hoàng Siêu lại cải tạo thêm một thân xác nữa, Hoàng Siêu đang đứng trên sân ga lộ ra một nụ cười nhẹ.
Hắn tỉnh lại, liên lạc với những người bên ngoài, thoát khỏi Ma Trận, nhưng hắn vẫn kết nối chặt chẽ với thế giới Ma Trận. Tinh thần của hắn theo sự chuyển hóa của mã lệnh, một phần ý niệm biến mình thành Smith, trong khi các năng lượng tinh thần khác bắt đầu bao phủ thế giới Ma Trận.
Hoàng Siêu từng có một thế giới tinh thần trong "Đội Đặc Nhiệm Não Bộ", giờ đây hắn giải phóng tâm linh, tung nó ra một lần nữa. Lực tinh thần bắt đầu diễn hóa thế giới, trong quá trình đó, nó đang hấp thụ dưỡng chất từ Ma Trận.
Hoàng Siêu lúc này giống như vừa đi đường vừa nghịch điện thoại, phân tâm làm nhiều việc cùng lúc đối với hắn là chuyện quá đỗi bình thường, nhưng điều này hoàn toàn khác với việc phân liệt ý thức. Hoàng Siêu chỉ có một ý chí duy nhất, nếu nói người bình thường đều đang chơi trò chơi hành động phiêu lưu đơn người, mỗi lần chỉ dùng một nhân vật, thì Hoàng Siêu bây giờ đang chơi trò chơi chiến thuật nhiều người, hắn thao túng nhiều nhân vật cùng lúc, nhưng người chơi cũng sẽ không vì thế mà bị tâm thần phân liệt.
Hoàng Siêu thực tại lại phân tách, Hoàng Siêu bên ngoài mở mắt ra, hắn nở nụ cười nhạt: "Rất tốt, tất cả chúng ta đều ổn."
Hoàng Siêu nhận được sự chào đón nồng nhiệt trên tàu, gã môi giới và tên phản bội giọng điệu quái gở đã bị loại bỏ, bầu không khí trên tàu trở nên hài hòa hơn trước rất nhiều.
Sau đó họ bắt đầu giải cứu nhân loại, đón những người đã nhận thức được thế giới Ma Trận đến địa điểm bí mật, rồi cho họ uống thuốc, họ sẽ thoát khỏi Ma Trận và được những người tiếp ứng bên ngoài đón đi. Hoàng Siêu chịu trách nhiệm xử lý mọi sự cố bất ngờ.