Hoàng Siêu quay trở lại Zion, nhưng phần lớn tinh thần của hắn vẫn lưu lại trong Matrix. Chỉ một phần nhỏ ý thức xuất hiện dưới hình ảnh của Smith, trong khi phần lớn ý thức còn lại đã chìm sâu vào hệ thống, chuẩn bị tung ra đòn chí mạng vào thời khắc quyết định.
Trước khi đại chiến ập đến, Zion đã tổ chức một buổi tập hợp. Morpheus có một bài diễn thuyết đầy phấn khích, dù chẳng có nội dung thực tế nào, nhưng lại khiến mọi người tạm quên đi nỗi sợ hãi trong lòng. Morpheus vốn là một bậc thầy thao túng tâm lý, ông ta không đưa ra bất kỳ khả năng chiến thắng nào, nhưng lại khiến người ta lầm tưởng rằng họ có thể đánh bại hai mươi lăm vạn cỗ máy mực, chỉ vì ở đó có "hy vọng" và "phép màu", rằng chiến tranh sắp kết thúc đến nơi rồi.
Đây cũng chính là bi kịch của Zion, ngoài việc tin vào những lời nói đó, họ chẳng còn hy vọng nào khác. Tất cả mọi người bắt đầu cuồng hoan. Hoàng Siêu ở trong căn phòng đơn của mình, một khoang chứa cũ kỹ làm bằng kim loại, thoang thoảng mùi gỉ sét. Đây đã là một căn phòng rất tốt ở Zion rồi.
Có người muốn cảm ơn hắn vì đã cứu giúp, có người muốn nhờ hắn chăm sóc người thân của mình. Hoàng Siêu chỉ nói: "Mọi người giải tán đi, tôi biết rồi." Những người đang nôn nóng đó lập tức bị thay đổi suy nghĩ, để lại không gian riêng tư cho Hoàng Siêu.
Trong Matrix, Hoàng Siêu nói với Trương Hạo: "Rút khỏi Matrix đi, nhiệm vụ của ngươi đến rồi."
Trương Hạo như bừng tỉnh khỏi giấc mộng, lộ ra vẻ mặt thấu hiểu. Hắn nói với Hoàng Siêu: "Các thành viên ở đây còn có thuyền trưởng của hai tàu tấn công khác, có cần thêm người nữa không?"
Hoàng Siêu gật đầu: "Đương nhiên, gọi họ đến đây, ta sẽ phân phó nhiệm vụ."
36 giờ sau, Morpheus và những người khác lại xuất phát, đi đến địa điểm phát sóng để liên lạc với Tiên Tri trong Matrix. Một cái bẫy lớn đang dần lộ diện: Lời tiên tri nói rằng, khi Cứu Thế Chủ tiến vào nguồn gốc của vạn vật thì chiến tranh sẽ kết thúc, điều này quả thực không sai. Theo kế hoạch của lũ máy móc, khi đó nhân loại ở Zion sẽ bị tiêu diệt, Cứu Thế Chủ sẽ tự sát, sau đó máy móc sẽ cử hai mươi ba đứa trẻ đến để xây dựng lại Zion. Quả nhiên, chiến tranh kết thúc, nhưng nhân loại trong vòng lặp này sẽ bị xóa sổ hoàn toàn.
Hoàng Siêu không đổi sắc mặt khi gặp Seraph, vệ sĩ của Tiên Tri, người đang mặc trang phục của người Hoa. Hắn chắp tay nói: "Ta muốn xin lỗi." Hoàng Siêu biết, hắn muốn tấn công mình để kiểm tra thân phận Cứu Thế Chủ.
"Tại sao phải xin lỗi?" "Vì điều này." Seraph đột ngột ra tay, Hoàng Siêu nhảy lùi về sau, né tránh đòn tấn công ở cự ly gần. Hoàng Siêu nhảy vọt lên cao, động tác này trong chiến đấu vốn rất nguy hiểm, Seraph đang định áp sát tấn công, nhưng Hoàng Siêu đã rơi xuống với tốc độ cực nhanh. Gia tốc của hắn không hề dựa vào trọng lực, hắn dùng sức mạnh tinh thần để tăng tốc, lấy cú va chạm của cơ thể làm vũ khí. Hắn nện mạnh xuống mặt đất, Seraph dùng hai tay đỡ lấy, nhưng vẫn bị đá lùi lại vài bước.
Đây vốn không phải là một thế giới vật chất, tại sao lại phải tuân theo quy tắc chiến đấu của thế giới vật chất? Hoàng Siêu nhón mũi chân trên sàn, cả người lao thẳng về phía Seraph theo phương song song với mặt đất. Hắn nằm ngang như một mũi tên sắc bén, đâm thẳng vào hàng phòng ngự của Seraph. Đôi tay hắn vừa nặng vừa nhanh, phá vỡ phòng thủ của Seraph rồi ấn mạnh lên ngực đối phương. Seraph văng ra sau, đập mạnh vào tường.
Hoàng Siêu như được một bàn tay vô hình kéo lên, thay đổi phương hướng ngay trên không trung. Giờ đây hắn đang đứng trên mặt đất, xoay người đối diện với Seraph. Chân trái hắn nhấc lên, hóa thành vô số bóng chân, đá tới mọi vị trí trên cơ thể Seraph. Thông thường, những cú đá của người bình thường đều có khoảng nghỉ và thu thế, nhưng lúc này, một chân của Hoàng Siêu bất động, chân kia đã biến thành súng máy, căn phòng tràn ngập tiếng gió rít.
"Bùm bùm bùm!" Seraph vốn đang giữ vẻ mặt điềm tĩnh, chống đỡ đòn tấn công của Hoàng Siêu một cách bài bản, nhưng hắn nhanh chóng nhận ra mình đã trở thành một cái bia tập bắn. Vô số bóng chân lướt qua người hắn, đá nát bức tường phía sau thành những mảnh vụn: điều này cũng rất khó thực hiện trong thế giới chương trình. Những đòn tấn công của Hoàng Siêu giáng lên người hắn cũng không quá nặng.
Nhìn thấy bụi bặm bay mù mịt từ bức tường phía sau, những đòn tấn công liên miên của Hoàng Siêu sắp đánh sập cả bức tường, Seraph trầm giọng nói: "Dừng tay. Ta biết ngươi là Cứu Thế Chủ rồi."
"Thật cảm ơn ngươi nhé, Seraph." Hoàng Siêu vô cảm nói. Bức tường hoàn toàn hư hại, căn phòng đầy khói bụi. Seraph cảm thấy, nếu Hoàng Siêu thực sự dùng toàn lực đánh vào người mình, có lẽ hắn cũng chẳng khác gì bức tường kia.
Seraph với tư cách là bảo vệ của Tiên Tri, ăn mặc như một cao thủ võ thuật Trung Hoa, nhưng làm việc lại rất hời hợt, ra vẻ ngầu thì được, nhưng suốt dọc đường chỉ biết làm nền. Đã kém cỏi mà còn thích tỏ vẻ, Hoàng Siêu không đá nát kính râm của hắn hoàn toàn là để không gây ác cảm với Tiên Tri.
Seraph dẫn Hoàng Siêu đi vào cửa sau của chương trình, hai người dọc theo hành lang đi về phía trước, rồi đến vị trí của Tiên Tri. Trong mắt Hoàng Siêu thoáng lên vẻ khác lạ, hắn chân thành nói với Seraph: "Cảm ơn đã dẫn ta đến đây."
Cửa sau của chương trình đã để Hoàng Siêu vào, với tư cách là một siêu trí tuệ, ý thức của Hoàng Siêu đã kết nối với tất cả nội dung chứa trong các cửa sau, quyền hạn của hắn trong Matrix cũng tăng lên đáng kể. Làm theo kịch bản có cái lợi của nó, bởi vì mọi bí mật đều sẽ mở ra cho Cứu Thế Chủ, họ cho rằng Neo có thể kiểm soát được, nhưng Neo này, chỉ là có vẻ ngoài của Neo mà thôi.
Tiên Tri nói với Neo một tràng, Hoàng Siêu trực tiếp trả lời theo lối mòn của phim, hôm nay lúc nửa đêm, mọi thứ sẽ kết thúc, tất nhiên hắn sẽ không bộc lộ cá tính vào lúc này. Làm thế nào để trở thành một diễn viên đạt chuẩn, hắn đã học được từ Hoa Sơn rồi.
Smith-Hoàng Siêu đi tới, Tiên Tri vội vã rời đi. Neo-Hoàng Siêu và Smith-Hoàng Siêu bắt đầu mỉa mai lẫn nhau, Hoàng Siêu cảm thấy vô cùng buồn cười, thực ra hắn đang tự nói chuyện với chính mình, rồi tay trái và tay phải oẳn tù tì với nhau. Hai phe bắt đầu đánh nhau, một đám Smith lao ra, vây công Neo.
Hai bên bay lên lặn xuống, phá tường đổ nhà, đánh nhau kịch liệt. Đặc vụ đi ngang qua cũng bị Smith-Hoàng Siêu lây nhiễm thành người của mình, rồi tham gia vào cuộc vây công Neo-Hoàng Siêu.
"Chuyện này ta quen lắm đây." Hoàng Siêu buồn cười nhận ra, chuyện này hồi nhỏ ngày nào hắn cũng chơi: "Chẳng phải mình đang cầm một đống đồ chơi nhỏ, đặt trên giường rồi dùng tay va chạm qua lại, giả vờ như chúng đang chiến đấu sao..."
Vì là cùng một ý thức, động tác của Neo khi đánh Smith đẹp mắt vô cùng, mỗi một động tác đều chuẩn xác, lúc nào cũng có Smith lao lên để hắn đánh, trên bầu trời luôn có mười mấy tên Smith đang bay lượn: vì mỗi giây mỗi phút đều có Smith mới bị đánh bay đi.
Hoàng Siêu dùng Smith lây nhiễm Neo, rồi Neo thoát ra, đóng vai các nhân vật khác nhau để nói chuyện, cảm thấy đã đủ rồi, Neo-Hoàng Siêu bay vút đi, Smith-Hoàng Siêu tiếp tục "sự nghiệp lây nhiễm".
Ở một nơi khác trong Matrix, Hoàng Siêu truyền mệnh lệnh của mình ra ngoài. Trong vành đai phòng thủ điện từ của người Hoa, ba tàu tấn công điện từ chở đầy vũ khí cất cánh, lao vào thế giới tận thế tăm tối.
U Châu, Lương Châu và Kinh Châu, ba con tàu tấn công tối tân nhất, thuyền trưởng và thủy thủ đoàn cao cấp đã được Hoàng Siêu huấn luyện bốn năm tháng nay, mỗi người đều có ý chí tinh thần vượt xa người thường.
"Hướng về phía Thành phố Máy móc mà tiến!" Trên mặt mỗi người không hề có sự sợ hãi hay do dự, họ tin tưởng Hoàng Siêu, sẵn sàng thực hiện cuộc viễn chinh nguy hiểm nhất vì điều này.
Dòng ion cuồn cuộn, ba tàu tấn công lao vào không trung tối tăm không thấy ánh mặt trời.