Phần lớn tinh thần của Hoàng Siêu vẫn luôn đặt tại lõi Ma Trận, dõi theo quá trình tái sinh của Smith. Trong "sự cố" lần này, Smith vốn không nên xuất hiện, thế nhưng một ý chí có khả năng lây nhiễm chương trình đã ra đời. Đó chính là phân thân tinh thần của Hoàng Siêu, hiện thân cụ thể cho siêu trí tuệ mà anh sở hữu.
Nó thậm chí còn có một cái tên khá đáng yêu là "Hoàng Siêu Trí Trí". Tất nhiên, tại đây, nó đã tự "phẫu thuật thẩm mỹ" để mang hình hài của Smith. Nhờ vào quy tắc sức mạnh của thuật chỉnh dung, trong khi sở hữu ngoại hình của Smith, nó thực chất đã nắm giữ toàn bộ các đặc trưng xác thực của chương trình này. Mọi chương trình trong Ma Trận đều sẽ coi chương trình tái sinh này là Smith, mọi thứ lại trở về quỹ đạo bình thường.
Trong Đế quốc Máy móc, Máy móc Đại đế cũng đang suy tính về động thái của con người. Những gì Zion thực hiện đều nằm trong tính toán của nó, còn Hoa Quốc tuy xuất hiện một vài biến số nhưng không ảnh hưởng đến đại cục. "Cứu Thế Chủ chỉ có thể xuất hiện trong một mạng lưới tinh thần liên kết như Ma Trận. Đó là biến số bất quy tắc được sinh ra từ sự hợp nhất ở cấp độ cao về tinh thần của nhân loại. Hoa Quốc muốn giải mã bí mật của Cứu Thế Chủ thì căn bản không có đủ điều kiện, họ không có một mạng lưới tinh thần nghiêm ngặt như Ma Trận."
Mạng lưới tinh thần của riêng Hoa Quốc lại vô cùng lỏng lẻo. Ma Trận sở hữu những điểm thần kỳ chính là vì nó không ngừng vắt kiệt tinh thần của hàng tỷ người mỗi giây mỗi phút. Những người đó hoàn toàn cắt đứt liên lạc với thế giới bên ngoài, dồn toàn bộ ý nghĩa cuộc sống vào trong Ma Trận.
Ngay cả những tín đồ cuồng tín nhất cũng không thể làm được như họ: cầu nguyện không ngừng nghỉ suốt cả cuộc đời. Hoàng Siêu coi Máy móc Đại đế như một tà thần, chính bởi vì những ám chỉ và ẩn dụ trong bộ phim.
"Chủ nhiệm Hoàng, tiến độ của chúng ta vô cùng chậm chạp. Những tế bào kia tuy đã được sao chép nhưng không thể tách chiết được vật chất hiệu quả. Nhóm nhân bản đã tạo ra hàng trăm phôi thai Cứu Thế Chủ, nhưng để chúng trưởng thành thành người lớn thì cần tới hai mươi năm nữa. Công việc nghiên cứu đã rơi vào trạng thái đình trệ."
Trong Ma Trận, Hoàng Siêu liên lạc với các hacker của Hoa Quốc, anh trấn an họ: "Mấu chốt nằm ở Ma Trận, chúng ta bắt buộc phải giải mã được bí ẩn của nó. Cứ mỗi vài chục năm, Ma Trận lại xuất hiện một Cứu Thế Chủ, điều này nói lên điều gì? Muốn đột phá tâm cảnh của bản thân, chúng ta bắt buộc phải thực hiện ngay trong Ma Trận. Nghiên cứu bên ngoài chỉ là nghiên cứu cơ bản, nhưng để nâng cao chiến lực, vẫn cần phải bắt đầu từ Ma Trận. Hiện tại tôi đã ở một nơi an toàn, đảm bảo kết nối liên tục, tôi sẽ đích thân quan sát những thay đổi của Ma Trận."
Hoàng Siêu vươn tay, nước trà xanh trong vắt từ chiếc tách có hoa văn cổ kính, tinh xảo bay vút lên, cuộn lại trong không trung rồi biến hình thành một con chim nước, tự do bay lượn trong phòng: "Nhìn xem, tôi đang làm khá tốt. Tôi sẽ tiếp tục ở lại Ma Trận. Hãy tổ chức một đội ngũ, tôi cần những người ưu tú nhất, để họ đến Ma Trận gặp tôi, tôi sẽ dẫn dắt họ khai mở tâm cảnh của chính mình. Nghiên cứu bên ngoài vẫn phải tiến hành theo kế hoạch, dù nhất thời chưa có thu hoạch, nhưng đó cuối cùng sẽ trở thành tài sản của dân tộc chúng ta."
Một nhóm người tập hợp lại bên cạnh Hoàng Siêu, trong đó có cả Trương Hạo và Trịnh Huyền. Những người này đều là đặc vụ thâm nhập của Hoa Quốc, vì họ vốn là những người đã giải phóng tâm linh trong Ma Trận, chiến lực ngang ngửa với Morpheus và những người khác.
Hoàng Siêu cười nói: "Rất vui được gặp mọi người, bây giờ tôi sẽ giảng cho các bạn nghe về triết lý nhân sinh..."
Cùng lúc đó, "Neo" Hoàng Siêu nhận được lời cầu cứu từ các thuyền viên khác, có một đứa trẻ đã thức tỉnh và đang bị đặc vụ truy đuổi. Hoàng Siêu xử lý chuyện này rất thuần thục, anh từ trên mây bay xuống, khuấy động những luồng khí lớn. Đứa trẻ kia đã leo lên tới đỉnh tòa nhà, nhận ra mình bị đặc vụ và cảnh sát bao vây, nó liền ngửa mặt lên trời rồi nhảy xuống.
Hoàng Siêu lao đến như một cơn cuồng phong, luồng gió mạnh phía sau đã phá hủy cả ô tô, cây cối và công trình kiến trúc. Anh vươn tay tóm lấy đứa trẻ, đưa nó lên cao, đối phương dưới sự bảo vệ của anh đã không chịu bất kỳ tổn thương nào do tốc độ cao gây ra.
"Neo, tôi biết ngay là anh sẽ đến cứu tôi mà! Tôi luôn cầu nguyện với anh trong lòng! Tôi biết, các anh là thật!" Đứa trẻ theo phong cách nổi loạn này phấn khích kêu lên.
Hoàng Siêu nhìn nó liền nhớ ngay ra, đây chính là "cái đuôi" của Neo trong phim. Anh cứu nó ngay lúc nó nhảy lầu, điều này có thể để lại ấn tượng vô cùng sâu sắc. Hoàng Siêu suy nghĩ kỹ một chút, không ném đứa trẻ xuống. Hiện tại anh chẳng hề sợ những kẻ dở hơi hay ngốc nghếch thông thường.
"Bình tĩnh đi nhóc, tiếp theo phải học tập cho tốt, Zion cần cháu xây dựng. Ngoài ra, đừng có thần tượng anh." Hoàng Siêu ân cần dạy bảo. Đứa trẻ lập tức bị anh ảnh hưởng, nó vẫn cực kỳ sùng bái Hoàng Siêu, nhưng ít nhất sẽ không đến làm phiền anh nữa.
Hoàng Siêu đưa nó đến căn cứ hacker, tự nhiên có người tiếp ứng. Họ khóa vị trí cơ thể thật của cậu bé, sau đó ép buộc nó thoát khỏi Ma Trận, rồi vớt nó lên từ cống ngầm. Hoàng Siêu tiếp tục đi khắp nơi giải quyết rắc rối, trong lòng cảm thấy có chút bất lực với những người thức tỉnh này: "Những kẻ thức tỉnh này đều tin chắc rằng thế giới là giả tạo, theo đuổi những hacker bí ẩn. Thực chất tính cách của họ toàn là những thiếu niên trung nhị. Người chúng ta cứu phần lớn đều là loại người lập dị này, trong mắt người bình thường thì chẳng khác nào một tổ chức đen tối chuyên dụ dỗ những đứa trẻ trung nhị."
Hoàng Siêu đang huấn luyện các thành viên chiến đấu của Hoa Quốc, anh dùng tinh thần ảnh hưởng đến họ một cách âm thầm. Họ đều trở thành những tín đồ cuồng nhiệt của Hoàng Siêu, tinh thần họ thay đổi và lập tức thể hiện rõ trong Ma Trận. Theo thời gian, tâm linh mỗi người đều được giải phóng thêm một bước, các quy tắc của Ma Trận khó mà hạn chế được họ, sức mạnh tăng lên theo từng ngày, mỗi người đều có thể đối đầu với đặc vụ. Lô thành viên huấn luyện này, phối hợp với thiết bị bảo vệ ngắt mạng, đã giúp Hoa Quốc sở hữu một đội ngũ siêu hacker bất tử trong Ma Trận, điều này khiến mọi người cảm thấy an tâm. Tư duy của Hoàng Siêu quả thực khả thi.
Mà tất cả những điều này thực ra chỉ là quả bom khói mà Hoàng Siêu tung ra để che mắt mọi người. Cơ thể thật của anh bên ngoài đã hóa thành Neo, đang ở trên tàu Nebuchadnezzar, lúc này đang chờ đợi sự triệu tập của Morpheus.
Trinity lịch sự nói: "Neo, Morpheus gọi anh vào Ma Trận." Hoàng Siêu gật đầu: "Tôi đến đây." Hai người họ không hề có mối quan hệ thân mật bí ẩn như trong phim. Trinity vốn có sự tò mò và ngưỡng mộ đối với Hoàng Siêu, điều này rất dễ chuyển hóa thành tình yêu, huống hồ còn có lời của Nhà Tiên Tri khiến lòng cô rối bời: Cô sẽ yêu Cứu Thế Chủ.
Tuy nhiên, chỉ bằng vài câu thôi miên tinh thần của Hoàng Siêu, Trinity đã xóa bỏ được ý niệm đó. Như vậy, lời tiên tri của Nhà Tiên Tri ngược lại đã thành sự thật: Trinity sẽ yêu Cứu Thế Chủ, nhưng Hoàng Siêu lại không phải là Cứu Thế Chủ! Bản thân Neo thật sự vẫn đang nằm trong không gian lưu trữ của Hoàng Siêu.
Cả nhóm tiến vào Ma Trận, biết tin máy móc bắt đầu tấn công Zion, có hai trăm năm mươi nghìn con "mực ống" đang đào xuống, chỉ huy trưởng Lock yêu cầu tất cả rút về phòng thủ, còn Morpheus lại yêu cầu một con tàu ở lại vì họ muốn giữ liên lạc với Nhà Tiên Tri.
Hoàng Siêu lạnh lùng đứng ngoài quan sát những trò hề này, anh ra ngoài đánh bại đặc vụ đang ập đến. Sau đó, "Smith" Hoàng Siêu cũng xuất hiện trên sân khấu, lây nhiễm đặc vụ thành hình tượng của Smith. Chương trình đã sao chép ngoại hình, nhưng những Smith này có độ mạnh khác nhau, và hắn có một kẻ cầm đầu.